隋唐时期（公元581~907年）： 此时我国南北统一，经济文化繁荣，交通发达，外贸增加，印度、西域药品输入日益增多，从而推动了医药学术的迅速发展，加之陶弘景《本草经集注》成书之际，正处于南北分裂时期，对北方药物情况了解不够，内容上存在一定的局限性，因而有必要对本草做一次全面的整理、总结。唐显庆四年（公元659年）颁布了经政府批准，由长孙无忌、李积领衔编修，由苏敬实际负责，23人参加撰写的《新修本草》（又名《唐本草》）。全书卷帙浩繁，共54卷，收药844种（一说850种），新增药物 114种（一说 120种），由药图、图经、本草三部分组成，分为玉石、草、木、兽禽、虫、鱼、果菜、米谷、有名未用等九类。在编写过程中唐政府通令全国各地选送当地道地药材，作为实物标本进行描绘。从而增加了药物图谱，并附以文字说明。这种图文并茂的方法，开创了世界药学着作的先例。本书治学严谨，实事求是，尊重经典又不拘泥，在保持《神农本草经》原文的基础上，对古书未载者加以补充、内容错讹者重新修定。书中既收集了为民间所习用的安息香、龙脑香、血竭、诃黎勒、胡椒等外来药，同时又增加了水蓼、?草、山植、人中白等民间经验用药，且药物分类也较《本草经集注》多两类。可见本书内容丰富，取材精要，具有高度的科学价值，反映了唐代本草学的辉煌成就，奠定了我国大型骨干本草编写的格局。它不仅对我国而且对世界医药学的发展产生了巨大的影响，很快流传到国外。如公元731年即传入日本，并广为流传，日本律令《延喜式》即有"凡医生皆读苏敬《新修本草》"的记载。由于《新修本草》是由国家组织修定和推行的，因此是它也是世界上公开颁布的最早的药典，比公元1542年欧洲纽伦堡药典要早800余年。本书现仅存残卷的影刻、影印本，但其内容保存于后世本草及方书中，近年有尚志钧重辑本问世。
　　此后，唐开元年间（公元713~741年），陈藏器深入实际，搜集了《新修本草》所遗漏的许多民间药物，对《新修本草》进行了增补和辨误，编写成《本草拾遗》。此书扩展了用药范围，仅矿物药就增加了110多种，且其辨识品类也极为审慎，全书增加药物总数尚无定论，然仅《证类本草》引用就达488种之多，为丰富本草学的内容作出了贡献。他还根据药物功效，提出宣、通、补、泻、轻、重、燥、湿、滑、涩十种分类方法，对后世方药分类产生了很大影响。
　　至五代（公元935~960年），翰林学士韩保?等受蜀主孟昶之命编成《蜀本草》。它也以《新修本草》为蓝本，参阅有关文献，进行增补注释，增加了新药，撰写了图经。该书对药品的性味、形态和产地做了许多补充，绘图也十分精致，颇具特点，李时珍谓"其图说药物形状，颇详于陶（弘景）、苏（敬）也。"故本书常为后人编纂本草时所引用，是一部对本草学发展有影响的书籍。
　　宋金元时期（公元960~1368年）：宋代火药、指南针、活字印刷术的发明，给中国和世界科学文化的发展带来了巨大的变化。由于临床医学的进步，促进了药物学的发展。药品数量的增加，功效认识的深化，炮制技术的改进，成药应用的推广，使宋代药学发展呈现了蓬勃的局面。
　　开宝元年（公元973年）刘翰、马志等奉命在《新修本草》、《蜀本草》的基础上修改增定宋代第一部官修本草《开宝新详定本草》，次年发现其仍有遗漏和不妥之处，经李?、制知浩等重加校定，较《新修本草》增加药物133种，合计983种，名《开宝重定本草》，苏颂称本书"其言药性之良毒。性之寒温，味之甘苦，可谓备且详矣。"
　　经过八十多年的时间，嘉佑二至五年（公元1057~1060年），又出现了第三部官修本草，即《嘉佑补注神农本草》。此书由掌禹锡、林亿、苏颂等人编写，以《开宝重定本草》为蓝本，附以《蜀本草》、《本草拾遗》等各家之说，书成21卷，较《开宝本草》增加新药99种，合计载药1082种，采摭广泛，校修恰当，对药物学的发展起了一定的作用。
　　嘉佑六年（公元1061年），由苏颂将经国家向各郡县收集所产药材实图及开花、结果、采收时间、药物功效的说明资料，以及外来进口药的样品，汇总京都，编辑成册，名曰《本草图经》。全书共21卷，考证详明，颇具发挥。本书与《嘉佑本草》互为姊妹篇。元佑七年（公元1062年）陈承将两书合编起来，附以古今论说及个人见解（名《别说》），故名《重广补注神农本草图经》。上述诸本草均已亡佚，然其内容仍可散见于《证类本草》、《本草纲目》等后世本草中。
　　宋代本草学的代表作当推唐慎微的《经史证类备急本草》（简称《证类本草》。唐氏为四川名医，家乡盛产药材。他医技高超，深入群众，为人治病，往往不计报酬，只求良方，从而搜集了大量古今单方、验方。他治学广泛，学识渊博，整理了经史百家246种典籍中有关药学的资料，在《嘉佑本草》、《本草图经》的基础上，于公元1082年撰成《经史证类备急本草》。全书 33卷，载药 1558种，较前增加 476种，附方3000余首。方例是药物功能的直接例证，每味药物附有图谱，这种方药兼收，图文并重的编写体例，较前代本草又有所进步，且保存了民间用药的丰富经验。每药还附以制法，为后世提供了药物炮炙资料。他广泛引证历代文献，保存了《开宝本草》、《日华子本草》、《嘉佑本草》等佚书内容。本书不仅切合实际，而且在集前人着作大成方面作了极大贡献，为后世保存了大量古代方药的宝贵文献，本书使我国大型骨干本草编写格局臻与完备，起了承前启后、继往开来的作用。《证类本草》沿用500多年，从大观2年（公元1108年）出版的《经史证类大观本草》（简称《大观本草》、政和6年（公元1116年）出版的《政和新修证类备用本草》（简称《政和本草》，以及南宋绍兴 29年（公元1159年）出版的《绍兴校定经史证类备急本草》（简称《绍兴本草》），直到金元时期（公元后1302年）出版的《经史证类大全本草》等，都是在《证类本草》的基础上，稍加修订补充而成的官修本草着作。这些着作，历代不断地复刻重刊，直到明代《本草纲目》问世后，才逐渐地代替了它。作为本草学范本的《证类本草》，不仅完成了当时的历史使命，并为《本草纲目》的诞生奠定了基础。直到现代，它仍然是我们研究中药必备的重要参考书目之一。
　　元代忽思慧于1330年编着的《饮膳正要》是饮食疗法的专门着作。书中对养生避忌、妊娠食忌、高营养物的烹调法、营养疗法、食物卫生、食物中毒都有论述，介绍了不少回、蒙民族的食疗方法，至今仍有较高的参考价值。
　　另外，这一时期药性理论发展较大，研究药性理性着名的医籍有寇宗?的《本草衍义》、王好古的《汤液本草》、张元素的《医学启源》及《珍珠囊》等。
　　明代（公元1368~1644年）：由于中外交流日益频繁，商品经济迅速发展，医药知识不断丰富，沿用已久的《证类本草》已经不符合时代的要求，需进一步的总结和提高。我国伟大的医药学家李时珍肩负时代的使命，在《证类本草》的基础上，参考了800多部医药着作，对古本草进行了系统全面的整理总结。他边采访调查，边搜集标本，边临床实践，经过长期的考查、研究、历时27年，三易其稿，终于在公元1578年完成了200多万字的中医药科学巨着《本草纲目》（简称《本草纲目》）。该书共52卷，载药1892种，改绘药图1160幅，附方11096首，新增药物374种，其中既收载了醉鱼草、半边莲、紫花地丁等一些民间药物，又吸收了番木鳖、番红花、曼陀罗等外来药物，大大地丰富了本草学的内容。本书以《证类本草》为蓝本，在文前编辑了序例，介绍历代诸家本草，证经史百家书目、七方、十剂、气味阴阳、升降浮沉、引经报使、配伍、禁忌、治法、治则等内容，全面总结了明以前药性理论内容，保存了大量医药文献。其百病主治药，既是临床用药经验介绍，又是药物按功效主治病证分类的楷模。本书按自然属性分为水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、器服、虫、鳞、介、禽、兽、人共16部6 2类，每药标正名为纲，纲之下列目，纲目清晰。这种按"从贱至贵"的原则，即从无机到有机、从低等到高等、基本上符合进化论的观点，因而可以说是当时世界上最先进的分类法，它比植物分类学创始人林奈的《自然系统》一书要早170多年。《本草纲目》中的每一味药都按释名、集解、修治、气味、主治、发明、附方等项分别叙述。详细地介绍了药物名称的由来和含义、产地、形态、真伪鉴别、采集、栽培、炮制方法、性味功能、主治特点。尤其是发明项下，主要是介绍李时珍对药物观察、研究和实际应用的新发现、新经验，这就更加丰富了本草学的内容。对药物的记载分析，尽量用实物说明和临床验证作出审慎的结论，内容精详，实事求是，突出了辨证用药的中医理法特色。本书在收集历代本草精华的同时，对其错误之处也做了科学的纠正，如对"葳蕤、女葳二物而并入一条"、"南星、虎掌一物而分二种"、"以兰花为兰草"、"以卷丹为百合"等等都做了准确的更正。并通过他的临床实践和药物研究，对某些药物的功效作了新的概括，如土茯苓治梅毒、延胡索止痛、曼陀罗麻醉、常山截疟、银花疗痈等，都做了证实和肯定。由于本书不仅总结了我国十六世纪以前的药物学知识，而且还广泛介绍了植物学、动物学、矿物学、冶金学等多学科知识，其影响远远超出了本草学范围，自1596年在南京印行后，很快风行全国，十七世纪即流传到国外，先后被译成朝、日、拉丁、英、法、德、俄等多种文字，成为不朽的科学巨着，是我国大型骨干本草的范本，是我国科技史上极其辉煌的硕果，在世界科技史永放光辉。
　　明代的专题本草取得了瞩目成就。炮制方面，缪希雍的《炮炙大法》是明代影响最大的炮制专着，书中所述的"雷公炮制十七法"对后世影响很大。炮制方法不断完善的同时，炮制技术也不断提高。明末的《白猿经》记载了用新鲜乌头榨汁、日晒、烟熏，使药面上结成冰，冰即是乌头碱的结晶，比起十九世纪欧洲人从鸦片中提出吗啡--号称世界第一种生物碱还要早100多年。食疗方面，朱?的《救荒本草》（1406年）为饥馑年代救荒所着，书中将民间可供食用的救荒草木，按实物绘图，标明出产环境、形态特征、性味及食用方法。本书既扩大了食物资源，又丰富了植物学、本草学内容，有一定科学价值。药用植物方面，李中立于公元1612年编着的《本草原始》，对本草名实、性味、形态加以考证，绘图逼真，注重生药学的研究。地方本草方面，兰茂（公元1397～1476年）编着的《滇南本草》，是一部专门记载云南地区药物知识的地方本草。